Autoflake выводит неиспользуемые импорты/переменные, но не удаляет их

Я использую инструмент autoflake для удаления неиспользуемых импортов и переменных в файле Python, но хотя он выводит сообщение об обнаружении неиспользуемых импортов/переменных, на самом деле он не удаляет их из файла.

Вот команда, которую я выполняю:

autoflake --in-place --remove-unused-variables portal/reports.py

Печатный выход:

portal/reports.py: Unused imports/variables detected

Несмотря на сообщение о неиспользуемых импортах и переменных, файл остается неизменным. Я подтвердил, что в файле есть неиспользуемые импорты и переменные, которые должны быть удалены.

Версии:

Django: 5.0.7
autoflake: 2.3.1
Python: 3.11
Ubuntu: 24.04

Я также заметил следующую проблему: когда я пытаюсь установить autoflake после отключения .venv в папке Django app или где-либо в ОС, я получаю следующую ошибку.

error: externally-managed-environment

× This environment is externally managed
╰─> To install Python packages system-wide, try apt install
    python3-xyz, where xyz is the package you are trying to
    install.
    
    If you wish to install a non-Debian-packaged Python package,
    create a virtual environment using python3 -m venv path/to/venv.
    Then use path/to/venv/bin/python and path/to/venv/bin/pip. Make
    sure you have python3-full installed.
    
    If you wish to install a non-Debian packaged Python application,
    it may be easiest to use pipx install xyz, which will manage a
    virtual environment for you. Make sure you have pipx installed.
    
    See /usr/share/doc/python3.12/README.venv for more information.

note: If you believe this is a mistake, please contact your Python installation or OS distribution provider. You can override this, at the risk of breaking your Python installation or OS, by passing --break-system-packages.
hint: See PEP 668 for the detailed specification.

Кто-нибудь сталкивался с этой проблемой? Что может быть причиной и как ее исправить, чтобы правильно удалить неиспользуемые импорты и переменные?

Похожий вопрос был поднят здесь, и ОП смог решить его, удалив