Я не могу загрузить полный геном Culex pipiens pallens из ncbi по api(Entrez) : HTTP ошибка 400: плохой запрос

<<<0><0>Я студент DawBio, вот мой вопрос. Здравствуйте, я студент Dawbio, вот мой вопрос.

Я поставил вас в ситуацию, я пытаюсь скачать по возможности генбанк полного генома Culex pipiens pallens из ncbi, но получаю эту ошибку. url de ncbi. В переменной db, которую я отправил в fetch, я уже пробовал с нуклеотидом, геномом, Gen и т.д. Я думал, что со сборкой я загружу его, но нет.

Когда я запускаю функцию download_genbank(), я получаю ошибку: HTTP Error 400: Bad Request

Я пытаюсь загрузить генный банк, если возможно, полного генома Culex pipiens pallens из ncbi, но получаю эту ошибку.

в переменной db, которую я отправляю в fetch, я уже пробовал с nuclotide, genome, Gen и т.д. Я думал, что сборка скачает его, но нет. <<<<1><1>>> <<<0><0>>Когда я запускаю функцию download_genbank(), я получаю ошибку: HTTP Error 400: Bad Request<<<1><1>>>

это страница: ncbi culex pipiens pallens complete genome

from pathlib import Path
from Bio               import Entrez
from Bio.Entrez.Parser import DictionaryElement, ListElement
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from typing  import Union

def write_text(txt: str, filename: str):

Path(filename).parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
Path(filename).write_text(txt)

def request_fetch(  db:str,
                id: Union[str, list[str], set[str]],
                file_format: str,
                filename: str                       ):
""" This function writes plain text in the type you specify.
    Typical types: 'fasta', 'gb', etc. 
    Should be used to download only a few files."""

if Path(filename).exists(): return

with Entrez.efetch( db=db,
                    id=id,
                    rettype=file_format,
                    retmode="text"      ) as response:

    content: str = response.read()

write_text(content, filename)


#GCF_016801865.1

def downloand_genbank(): 
request_fetch(      db="assembly",
                    id='GCF_016801865.1',
                    file_format='gb',
                    filename='cache/culex_pipens_pallens.gb') 

download_genbank()

Вернуться на верх